Eerste Gesticht
Bij de sloop van het Eerste Gesticht en de nieuwbouw van het latere Norgerhaven werden de bomen van de binnenplaats en rondom de gracht ten dele behouden. Hieruit blijkt dat ter plekke van het (oude) Eerste Gesticht aan de buitenrand langs de Kolonievaart eiken stonden, die omstreeks 1900 een doorsnede hadden van ca. 30 à 40 cm. Aan de westzijde stonden lindes, aan de zuidzijde iepen en aan de oostzijde populieren. Ook langs de ‘Grintweg naar Veenhuizen II’ stonden omstreeks 1900 aan weerszijden eiken, tot waar de Kolonievaart langs de Hoofdweg lag. Op het binnenterrein van het Eerste Gesticht stond een afwisseling van eik (20 à 35cm), iep (20 à 50cm) en linde (20 à 55cm). Aan de rand stonden enkele paardenkastanjes (20 à 40cm). Ertussen waren beuken aanwezig, die gezien de maat (10 à 20cm) waarschijnlijk later tussen de eiken, lindes en iepen waren geplant (inboet).
Tweede Gesticht
Vermoedelijk was de binnenplaats van het Tweede Gesticht in de 19e eeuw eveneens ingericht met bomen, net zoals het Eerste Gesticht.
De binnenplaats van het Tweede Gesticht kreeg aan het begin van de 20e eeuw een inrichting als plantsoen, bestaande uit een grasveld met een middenpad, aan weerszijden daarvan een ovaal heesterperk, drie boomgroepen en op de hoeken een driehoekig heesterperk. Op de binnenoever van de gracht bleef een bomenrij aanwezig, behalve aan de westzijde waar een gebouw lag.
In de jaren 60 was dit deels gewijzigd in een werkruimte en moestuinen, terwijl het zuidwestelijke deel versoberde tot grasveld met de drie boomgroepen. Thans zijn deze drie bomengroepen nog herkenbaar in de locatie van beplanting in de binnentuin van het museum.
De binnenplaats van het huidige Gevangenismuseum is in 2004-2006 ontworpen door buro Lubbers en uitgevoerd in opdracht van Rijksgebouwendienst.
Derde Gesticht, Bergveen
Van het Derde Gesticht is een fraaie prent gemaakt, kort na de realisatie van gebouw en binnentuin. Verder zal de inrichting weinig hebben afgeweken van de andere twee gestichten. Van de beplanting van het thans afgebroken gesticht zelf is ter plekke vrijwel niets behouden. Aan de westzijde is het voormalige toegangspad herkenbaar aan een rij oude eiken. Langs de noord- en oostzijde staan nog bomenrijen die op de buitenoever van de gracht stonden.